WebStormで .git ディレクトリを表示したい場合、デフォルトでは隠しファイル(ドットファイル)は非表示になっています。以下の手順で .git フォルダなどの隠しディレクトリを表示できます。
Preferences(設定)を開く
Ctrl+Alt+S(Windows/Linux)または Cmd+,(macOS)で設定ダイアログを開きます。Editor → File Types を選択
Ignore files and folders の設定
.git などが含まれている場合、それをリストから削除してください。適用して閉じる
この設定をすると、WebStormの「プロジェクト」ビューなどで .git ディレクトリが表示されるようになります。
もしプロジェクトツリー上で即時に表示されない場合は、プロジェクトを一度閉じて再度開くか、「ファイルの同期(Synchronize)」を実行してください。