普通に git clone した後で worktree を作ると、mainブランチだけ 別階層になってしまいます。
それを解決するためには、以下の手順で clone します。
git clone --bare https://github.com/user/myrepo.git
// または 最初にアンダースコアをつけておくのも良いです。( _myrepo.git )
git clone --bare https://github.com/user/myrepo.git _myrepo.git
自動的に リポジトリ名.git というフォルダに clone されます。( ↑ この0だとmyrepo.git )
この時点ではどのブランチもチェックアウトされていない状態になります。
git --git-dir=repo worktree add main main
git --git-dir=repo worktree add feature-1 feature-1
git --git-dir=repo worktree add feature-2 feature-2