HTMLページに以下の2行を追加してページをiPhoneで開き、【ホーム画面に追加】でホームにアイコンを作成すると フルスクリーン表示で起動することができます。

<meta name="apple-mobile-web-app-capable" content="yes">
<meta name="apple-mobile-web-app-status-bar-style" content="black-translucent">

設定できる値は以下のとおり

apple-mobile-web-app-capable : フルスクリーンにするかどうか？
【yes】フルスクリーンにする
【no】フルスクリーンにしない

apple-mobile-web-app-status-bar-style : （画面一番上のステータスバーの表示方法）
【default】標準
【black】反転（黒バック）
【black-translucent】（透明）

ただしページ内リンク以外のリンクがあるとSafariが別で立ち上がるので、jQuery-uiなどを使ってリンクを組み立てるか 次の「jquery_mobile_js_link.js」を使ってリンクを押すとjavascriptで画面遷移するように変更する必要があります。

リンクを全てJavaScriptのリンクに変更する（jquery_mobile_js_link.js）

使い方

<script src="jquery_mobile_js_link.js"></script>

jquery_mobile_js_link.js

// Initialization
jQuery.mobile_js_link = {
	init: function() {
		for (module in jQuery.mobile_js_link) {
			if (jQuery.mobile_js_link[module].init)
				jQuery.mobile_js_link[module].init();
		}
	}
};
jQuery(document).ready(jQuery.mobile_js_link.init);
jQuery.mobile_js_link.rewrite = {
	init: function() {
	    var ua = navigator.userAgent;
	    if(ua.indexOf('iPhone') > 0 || ua.indexOf('iPod') > 0 || ua.indexOf('Android') > 0 && ua.indexOf('Mobile') > 0){}
			else if(ua.indexOf('iPad') > 0 || ua.indexOf('Android') > 0){}
			else{
	        return;
	    }
		var all_tags = $('a');
		all_tags.each(function(){
			var url = $(this).attr('href');
			$(this).attr('href','#');
			$(this).click(function(){
				location.href = url;
			});
		});
	}
};