例えば id="hogehoge" の中身を書き換えるには

■ prototype.js + DOM の場合

var mytext='aiueo';
$('hogehoge').innerHTML=mytext;

■ jQueryの場合

var mytext='aiueo';
j$("#hogehoge").html(mytext);

と書けますが、このとき

var mytext=0;
$('hogehoge').innerHTML=mytext; // 0 が表示される
j$("#hogehoge").html(mytext); // 何も表示されない

という違いがあるようなので注意！