下記の用に JavaScriptで端末を判別してからそれぞれにセットしたい viewport を追加します。

下記の例では

iPhoneの時 499px

iPad の時 999px

にセットしています。

<script type="text/javascript" src="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.6.0/jquery.min.js"></script>
<script type="text/javascript">
jQuery(document).ready(function(){
    if(navigator.userAgent.indexOf('iPhone') > -1){
        jQuery("head").append(jQuery('<meta name="viewport" content="width=499, user-scalable=yes" />'));
    }
    else if(navigator.userAgent.indexOf('iPad') > -1){
        jQuery('head').append('<meta name="viewport" content="width=999, user-scalable=yes" />');
    }
});
</script>