以下のモジュールを使用します。
http://search.cpan.org/dist/Template-Plugin-TagRescue/

使い方は

  [% USE TagRescue %]

と最初に書いて

  [% FILTER html_except_for('b') -%]

  Bold! and Italic!


  [%- END %]

  # Output:

  # Bold! and Italic!

  [% 'Bold! and Italic!
' | html_except_for('i','br') %]

  # Output:

  # Bold! and Italic!

  [% taglist = ['b', 'br']; 'Bold! and Italic!
' | html_except_for(taglist) %]

  # Output:

  # Bold! and Italic!