● Windows コマンドプロンプトで zip 圧縮を行う

7zip を使用します。
こちらからインストールします。

https://sevenzip.osdn.jp/download.html

"C:\Program Files\7-Zip\7z.exe" a C:\Users\hoge\Desktop\my_app.zip my_app -x!.git

パスにスペースが含まれているので "C:\Program Files\7-Zip\7z.exe" と ダブルクォーテーションで囲みます。
その後ろは
a　圧縮ファイル名　フォルダ名 です。

● .git ディレクトリを除いて unix コマンドで zip 圧縮を行う

"C:\Program Files\7-Zip\7z.exe" a C:\Users\hoge\Desktop\my_app.zip my_app -x!.git

次のように指定します
a　圧縮ファイル名　フォルダ名　-x!除外フォルダ名
この例では hogeユーザーのデスクトップに my_app.zip を作成します。