Smartyキャッシュを削除するには clear_cache(); を使用します。

void clear_cache(string template,
                 string cache_id,
                 string compile_id,
                 int expire_time);

Smartyを使用したサイトではSmartyキャッシュを使用することにより劇的に高速化されますが、（テストページや一時的に表示したページの）キャッシュファイルをクリアし忘れると、逆にハードディスクに負荷をかけて動作を遅くするおそれがあります。

古い不要キャッシュの削除は必ず行いましょう。

Smarty Cache時間による自動削除の例

// 7日以上古いキャッシュを削除する
$days = 7;
$time = $days * 24 * 60 * 60;
// 10回に1回実行
if( rand(1,10)==1 ){ $smarty->clear_all_cache($time); }

ファイルを使用せずキャッシュにMySQLを使用する

http://www.smarty.net/docsv2/ja/section.template.cache.handler.func.tpl